"ปัญหาภัยแล้ง" ยังเป็นปัจจัยเสี่ยง ที่สำคัญของเศรษฐกิจไทยในปี 2559  เนื่องจากเกษตรกรไทยยังทำการเกษตร โดยพึ่งพาระบบชลประทานเป็นหลัก เมื่อปริมาณน้ำมีน้อยก็ต้องส่งผลกระทบต่อการเกษตร

โดยรัฐบาลพล.อ.ประยุทธ์  จันทร์โอชา  ก็เห็นความสำคัญในเรื่องดังกล่าว  และได้สั่งการให้ทุกหน่วยงานที่เกี่ยวข้องแก้ปัญหาภัยแล้งอย่างยั่งยืน ขณะที่ รองนายกรัฐมนตรี  สมคิด จาตุศรีพิทักษ์ ก็ยอมรับว่า การพัฒนาเศรษฐกิจจากภายในประเทศ  หัวใจสำคัญคือเศรษฐกิจฐานรากกว่า 30 ล้านคน ซึ่งอยู่ในภาคเกษตรที่ยังมีปัญหา ดังนั้นหน้าที่ของรัฐบาลคือการช่วยเหลือคนจน

รองนายกฯนายสมคิด  จึงได้มอบนโยบายให้ธนาคารออมสิน ธนาคารเพื่อการเกษตรและสหกรณ์การเกษตร (ธ.ก.ส.) และกองทุนหมู่บ้าน หามาตรการช่วยเหลือเกษตรกรในการปฏิรูปการเกษตร โดยต้องการให้ทุกฝ่ายช่วยกันปรับเปลี่ยนโครงสร้างการเกษตร ด้วยการสร้างอุตสาหกรรมการเกษตร หรือสร้างผู้ประกอบการเอสเอ็มอี  ภาคการเกษตรรายย่อย เพื่อให้เกิดการพัฒนาสินค้าทางการเกษตรให้มีมูลค่าเพิ่มสูงขึ้น สร้างรายได้ให้เกษตรกร และให้ผู้ประกอบการเหล่านี้เป็นกำลังสำคัญในการสร้างรากฐานใหม่ให้กับเศรษฐกิจไทย โดยปีนี้จะเป็นปีของการปฏิรูปการเกษตร

ด้าน นายลักษณ์ วจนานวัช  ผู้จัดการธนาคารเพื่อการเกษตรและสหกรณ์การเกษตร (ธ.ก.ส.) กล่าวว่า ในการสนับสนุนเกษตรกรในพื้นที่ภัยแล้งให้ปรับเปลี่ยนการผลิตไปปลูกพืชชนิดอื่นนั้น เบื้องต้นอาจจะใช้งบประมาณรัฐ ในการแจกเงินให้กับชาวนา เพื่อสนับสนุนปัจจัยด้านการผลิต ไปพร้อมๆ กับการให้สินเชื่อดอกเบี้ยต่ำ ซึ่งต้องเป็นดอกเบี้ยในอัตราพิเศษ

ขณะที่ นายสุเทพ  น้อยไพโรจน์ อธิบดีกรมชลประทาน  เปิดเผยถึงสถานการณ์ภัยแล้งในปี 2559 ว่า สถานการณ์ภัยแล้งในปีนี้จะมีความรุนแรงกว่าทุกปี สาเหตุหลักๆ มาจากปริมาณน้ำฝนที่ตกในช่วงที่ผ่านมามีน้อย และปริมาณน้ำที่กักเก็บไว้ไม่มีเพียงพอ ขณะที่ปริมาณน้ำในเขื่อนเหลือเพียง 3,740 ล้านลูกบาศก์เมตรเท่านั้น ทั้งนี้ กรมชลประทานสามารถระบายน้ำเพื่ออุปโภคบริโภค และการรักษาระบบนิเวศเป็นส่วนใหญ่ ในส่วนของการเพาะปลูกสามารถระบายน้ำช่วยเหลือได้เฉพาะไม้ผลเท่านั้น และไม่สามารถสนับสนุนเกษตรกรที่ปลูกนาปรังได้

สอดคล้องกับ ศูนย์วิเคราะห์เศรษฐกิจทีเอ็มบี หรือ TMB Analytics ที่ประเมินว่า ปี 2559 ถือเป็นปีที่ไม่สดใสสำหรับเกษตรกรผู้เพาะปลูก 5 พืชเศรษฐกิจสำคัญ คือ ข้าว ยางพารา อ้อย มันสำปะหลัง และปาล์มน้ำมัน เนื่องจากมีปัจจัยลบหลายปัจจัยเกิดขึ้นต่อเนื่องข้ามปี
 

ผลการศึกษาของศูนย์วิเคราะห์ฯ พบว่า มูลค่าผลผลิตของพืชเศรษฐกิจสำคัญที่เกษตรกรจะขายได้ในปี 2559 จะลดลงประมาณ 6% คิดเป็นมูลค่ากว่า 4.52 หมื่นล้านบาท ซึ่งเกษตรกรในภาคตะวันออกเฉียงเหนือมีรายได้ลดลงมากที่สุด ประมาณ 1.6 หมื่นล้านบาท จากราคาข้าวนาปีและราคามันสำปะหลังที่ลดลง

เกษตรกรภาคใต้ได้รับผลกระทบรองลงมาจากราคายางพาราและปาล์มน้ำมันที่ลดลง ทำให้เม็ดเงินหายไปจากพื้นที่ประมาณ 1.1 หมื่นล้านบาท เป็นต้น ทำให้มีความกังวลเพิ่มเติมจากรายได้การขายผลผลิตที่ลดลงหลายหมื่นล้าน จะทำให้กำลังซื้อของเกษตรกรลดลง เม็ดเงินหมุนเวียนในพื้นที่ลดลง กระทบต่อยอดขายและสภาพคล่องของธุรกิจ SMEs